扣执业医师资格证合法吗

不合法，医生行医执照是个人的合法手续。任何单位不得扣留

法律分析：医院这样做不算违法。根据执业规定。医院需要建立本院医务人员的个人档案。档案的内容之一就包括执业医生证书或其他各类技术人员的执业证书。这样做的目的是防止在职人员挂名不在岗，或者到其他诊所挂证。法律依据：《中华人民共和国劳动合同法》 第九条 用人单位招用劳动者，不得要求劳动者提供担保或者以其他名义向劳动者收取财物，不得扣押劳动者的居民身份证或者其他证件。