企业扣留执业药师证怎么办

申请劳动仲裁就可以了

执业药师证，是国家核发的正式证件，未经发证机关批准，任何单位和个人不得扣押，否则，就是违法行为。你可以理直气壮地和原单位索要，如果不给，向其上级主管部门投诉，也可以直接向法院起诉。

去当地劳动仲裁投诉，不行的话就去挂失，补一张新的。